Tulivuoren maaperä on suojellut koko kaupunkia ja hoitanut sitä hyvin. Akrotirissa sijaitsevan kaupungin on saattanut tuhota Santorinin tulivuoren kauhea purkaus noin 1500 eaa. jäljellä osittain haudattu ja vain itäpuoli selvisi muodostaen puolikuun saaren.
Noin 1300 eaa. saapuivat foinikialaiset, jotka päättivät nimetä saaren Kallistiksi, ja vuonna 1115 eKr. Dorianit, jotka nimeivät saaren johtajansa Theran mukaan. Tänä aikana tehtiin päätös korjataja he rakensivat kaupunkeja, temppeleitä ja satamia. 900-luvulla eKr. Siitä tuli tärkein kulkukaupunki itään ja länteen suuntautuvalla yhteysreitillä. Noin 630 eaa. heidän vieraat pääsivät Afrikan mantereen pohjoisrannikolle ja perustivat Kyrenen, ainoan Thiran siirtokunnan, nykypäivän Libyaan. Kreikan klassisina aikoina saarella ei ollut merkittävää roolia Kreikan tapahtumissa.