I 1821 deltog Santorini i kampen for uafhængighed fra tyrkerne og blev en del af den uafhængige græske stat i 1930.
Efter jordskælvet i 1956 var der et kraftigt fald i befolkningen, og der var en større økonomisk krise. Men mod slutningen af 70’erne begyndte turismen at blive udnyttet, hvilket er den vigtigste økonomiske sektor i Santorini i dag.