Hele byen er blevet bevaret og meget godt passet af den vulkanske jord. Byen i Akrotiri er muligvis blevet ødelagt af den forfærdelige udbrud af vulkanen Santorini omkring 1500 f.Kr. forbliver delvist begravet, og kun den østlige side overlevede og dannede den halvmåne ø.
Omkring 1300 f.Kr. fønikerne ankom, der besluttede at navngive øen Kallisti og i 1115 f.Kr. dorianerne, der kaldte øen efter deres leder, Thera. Det var i denne periode, at beslutningen blev truffet for at rette op